První zpráva o Nebahovech pochází z roku 1317. V roce 1351 patřily Nebahovy k panství bavorskému, ale po založení hradu Helfenburk byly odloučeny pod jeho správu.

V roce 1620 připadla ves Buquoyům, kteří ji připojili ke svému panství v Libějovicích.

Po roce 1850 byly Nebahovy zprvu v soudním okresu Netolice, ale od roku 1886 byly začleněny do soudního okresu Prachatice.

V letech 1938-1945 byly v soudním okrese Netolice. Od roku 1945 znovu pod Prachatice. Před lety se zde dobývala tuha, ale po vniknutí vody do dolů, se přestalo těžit. Na začátku září 1901 vyslala společnost horníky z Chvalovic do Nebahov. Byla otevřena nová šachta. Ve veliké hloubce dělníci našly tuhu, ale také prameny vody. Tuhové žíly se ukazovaly dosti značné směrem k obci Nebahovy. Tuha byla dobré jakosti. Pro špatné obchody a nedostatek financí bylo dolování zastaveno v únoru 1902 ve hloubce 20 metrů. Zmínka o škole je datována k roku 1839. Do roku 1869 učil děti v místní škole vysloužilý vojín Josef Babůrek z Bělče.